Емир Вајзовиќ моментално работи на Факултетот за политички науки при Универзитетот во Сараево. Неговите истражувачки интереси се однесуваат на изборите, јавното мислење и гласачкото однесување, човековите права и конфликтните процеси. Тој е координатор на Работната група за демократија и човекови права при Институтот за истражување на општествени науки на Факултетот за политички науки при Универзитет во Сараево а сфера на интерес му е и интеракцијата на циивлното општество со политиката. Автор е и уредник 6 книги, како и бројни статии и поглавја од книги.