Emir Vajzović trenutno radi na Fakultetu političkih nauka Univerziteta u Sarajevu. Radi istraživanja na izborima, javnom mišljenju i ponašanju glasa, ljudskim pravima i procesima sukoba. Koordinator je Radne grupe za demokratiju i ljudska prava Instituta za društvena istraživanja Fakulteta političkih nauka Univerziteta u Sarajevu, a posebno je zainteresovan za interakciju civilnog društva sa politikom. Napisao je i uredio 6 knjiga, kao i brojne članke i poglavlja u knjigama.